Федеральный закон от 02.06.2010 № 115-ФЗ уточнил порядок, по которому плательщики единого сельскохозяйственного налога утрачивают право на применение спецрежима. Так, в случае нарушения условий применения ЕСХН, компания должна в течение месяца должна пересчитать  НДС, налог на прибыль, НДФЛ, а также  налог на имущество. За опоздание с  уплатой налогов и авансовых платежей по ним налогоплательщику будут начисляться  пени.
Федеральным законом от 2 июня 2010 г. N 115-ФЗ "О внесении изменений в статью 346.3 части второй Налогового кодекса Российской Федерации" уточнен порядок начисления пеней за несвоевременную уплату налогов в связи с утратой права применять ЕСХН.
Возможны два случая. Первый - когда налогоплательщики уплачивали ЕСХН на законных основаниях, но по ряду не зависящих от них причин утратили право его применять. Второй - когда организация или ИП перешли на ЕСХН с нарушением установленных требований и необоснованно его применяли.
В первом случае пени начисляются со следующего дня после установленного срока перерасчета налогов. Во втором - со дня, следующего за установленным днем уплаты соответствующего налога (авансового платежа) за период, в котором ЕСХН необоснованно применялся.

Отдел работы с налогоплательщиками  Межрайонной ИФНС России № 9 по Челябинской области